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系统医学20世纪90年代起源于中国的中西医学比较研究，中医的系统理论、医学计算机建模和分子医学的生物技术研究，中医的系统理论和分子医学的技术整合交叉形成了系统医学概念和模型。神经内分泌、免疫系统调控与代谢器官系统稳态模型，构成系统医学理论基础；组学芯片技术、生物计算技术和转基因生物技术等综合，构成系统医学技术基础。转化医学同个性化医学（Personalized Medicine）、可预测性医学、精准医疗等一同构成系统医学（systems medicine，包括系统病理学、系统学、系统诊断与综合等）的体系。

背景介绍
在20世纪80到90年代，中国科学哲学界与医学界进行了中西科学、中西医学与中西哲学的系列探讨，同期大量系统科学、老三论、新三论、人工智能、周易哲学与科学史、科学哲学、科学社会学等著作翻译出版。因国际行为医学、社会-心理-生物医学模式以及综合的形成，以及采用现代生物技术研究中医药在国际上的发展。

概念
1992年4月份，中国自然辩证法学会与《医学与哲学》杂志社在广州召开了首届全国中西医学比较研讨会，大会上曾邦哲（曾杰）提出了系统医药学（systems medicine and pharmacology）的概念与模型 [1]  ，采用图论和网络拓扑学方法，阐述了神经、内分泌、免疫与血管系统的机能活动与生命活动的物质、能量代谢系统稳态模型，以及神经、内分泌与免疫细胞系统与基因、蛋白质、脂类等分子系统的双向调控生命活动与发育的过程等，系统医学是系统科学的数学理论、计算机模型与分子医学的生物技术交叉综合。

理论
中国生物学家曾（杰）邦哲在1994年的《结构论-泛进化论》中阐述生物是结构整合（integrative）、调适稳态与建构（constructive）分层的信息控制系统，并于1995年发表“医药科学从实证到综合（synthetic）发展”简述中、西医学汇通系统医药学的医学发展史。从子午流注到时间生物学，从神经、内分泌与基因、蛋白质双向调控到细胞分子系统的信号传导、基因调控的RNA机制等，1994年（Zeng BJ.）于华人发育生物学家国际会议（中科院发育生物学研究所）论述动物发育的节律稳态模型，进入了细胞发生动力学的系统生物学研究领域。